Ud fra dit spørgsmål lyder det ikke som om, du har brug
for at synkronisere filerne - men derimod at se forskellen mellem
indholdet i to filer.
Hvis der er tale om tekstfiler, kan du bruge
http://winmerge.org/
Her får du mulighed for at sammenligne indholdet af to
tekstfiler. Derudover kan programmet også "merge" (Sammenflette)
ændringerne i de to filer.
Hvis du derudover har brug for at synkronisere ændringer mellem
to foldere, kan også jeg kraftigt anbefale Synctoy fra Microsoft.
Begge de nævnte programmer er gratis.