Det kan være fordi du har for mange tilslutninger til serveren også nægter den at tage imod flere indtil de automatisk udløber.
Kan du ikke se nogle beskeder mens du oplader som fortæller hvad programmet lavet ?
Det kan man i filezilla ihvertfald også kan det stå at de maksimale antal tilslutninger er nået for eksempel 4.
Prøv og kig i programmet indstillinger og se om der er noget der hedder maximum connections eller sådan noget også sæt den til 1.
Hvis du sætter den til 1 så kan du ikke skifte mappe mens du uploader så hvis du vil det så prøv med 2 eller 3 eller 4 indtil du finder noget det virker for dig.
Prøv
http://filezilla-project.org/ hent den der hedder filezilla client.